Монгол бөхөн нь зөвхөн баруун монголд, Их нууруудын хотгорт Шаргын говь, Хүйсийн говь болон Дөргөний талд тархсан байна. 2002 он гэхэд тоо толгой нь 800 болтлоо буураад байсан Монгол бөхөнгийн тоо сүүлийн арав гаруй жилийн хугацаанд ДБХС болон МАВА сангийн өгөөмөр туслалцаа дэмжлэгийн хүчинд эргэн сэргэж байна.
Гэсэн хэдий ч энэхүү популяц сэтгэл түгшүүлсэн хэвээр байгаа бөгөөд харамсалтай нь тоо толгой нь буурах хандлагатай байна. Монгол бөхөн уламжлалт тархац нутгийнхаа дөнгөж 27 хувьд л тархан амьдарч байна. 2016, 2017 онуудад гарсан мялзан өвчин, 2017, 2018 оны хүнд хэцүү өвлийн улмаас 2018 оны тавдугаар сар гэхэд бөхөнгийн популяцийн хэмжээ 3600 бодгаль болтлоо буюу 2014 онд байснаас 70 хувь хүртлээ буурсан.
Хэдийгээр 2020 оны нэгдүгээр сар хүртэл популяцийн хэмжээ хамгийн багадаа 5070 бодгаль хүртлээ өссөн боловч популяцийн хэмжээ эмзэг байгаа учир хамгаалалтын дорвитой арга хэмжээнүүдийг авах хэрэгцээ шаардлага байсаар байна. Монгол бөхөнд нүүрлэж буй гол аюул занал нь халдварт өвчин зооноз, уур амьсгалын өөрчлөлт, байгалийн гамшигт үзэгдэл, бэлчээрийн доройтол, хулгайн ан болон хариуцлагагүй уул уурхай түүнээс улбаалсан шугаман дэд бүтэц зэрэг байна.
